厚生労働省、9月1日より残業月45時間の一律指導を撤廃｜健康確保措置へ移行

厚生労働省は2026年9月1日、労働基準監督署が特別条項付き三六協定を締結している企業に対して行っていた「残業時間を月45時間までに抑えるよう一律に求める行政指導」を取りやめました。労使合意に基づく特別条項の有効性を尊重し、今後は協定に定められた医師の面接指導や勤務間インターバルといった健康確保措置が実際に機能しているかを重点的に確認する運用へ切り替えます。

監督指導方針の見直し経緯と労基署の新たな確認基準

今回の運用見直しは、法的に有効な三六協定を締結している事業場に対し、行政側が協定内容を超えて一律の労働時間短縮を求めていた運用の適正化を目的としています。労働基準法の枠組みそのものを改正するものではなく、行政指導における着眼点を「形式的な一律抑制」から「労使合意事項と健康確保措置の実効性担保」へと是正する措置です。

閣議決定から運用開始に至る時系列

今回の指導方針改定は、政府の成長戦略や基本方針における議論を経て決定されました。

2026年7月の「経済財政運営と改革の基本方針2026」において、重大・悪質な事案には厳正に対処しつつ、労働時間や健康確保措置に関する労使の合意にのっとった指導を行う方針が明記されました。これを受けて厚生労働省は同年8月19日に指導運用の改定を公式発表し、9月1日より全国の労働基準監督署で一斉に適用を開始しました。あわせて全国の働き方改革推進支援センターに三六協定締結支援の専門相談窓口が開設されています。

見直し前後の行政指導と企業側の対応差

従来の労基署による指導と、2026年9月1日以降の指導方針における主な相違点は下表の通りです。

これまでは、労使間で特別条項付き三六協定を締結し、突発的な仕様変更や工程遅延に対応するために月45時間を超える時間外労働の手続きを完了していても、労働基準監督署の臨検監督において月45時間以内に抑えるよう一律の指導を受けるケースが頻発していました。

新運用では、労使合意に基づく特別条項の効力が認められ、枠内の残業である限り「月45時間を超えている」という事実のみをもって一律是正を求められることはなくなります。一方で、協定届に記載した健康確保措置が履行されていない場合や、労働基準法で定める上限（単月100時間未満、年720時間以内など）に違反する場合には、従来通り厳格な是正指導や罰則の対象となります。

労基署が重点確認する健康確保措置の具体項目

厚生労働省告示第323号「時間外労働・休日労働に関する指針」に基づき、特別条項付き三六協定を締結する際には健康及び福祉を確保するための措置を定める必要があります。新運用下において労働基準監督署が調査時に提示を求める主な確認項目は以下の通りです。

医師による面接指導の実施履歴

協定で定めた労働時間基準（例：月80時間超の時間外・休日労働）を超えた労働者に対して、産業医や医師による面接指導を確実に実施しているか、またその記録が法令に基づき適切に保存されているかが精査されます。

勤務間インターバル制度の運用実績

終業から次の始業までの間に一定の休息時間（例：11時間以上）を確保する措置を協定に盛り込んでいる場合、タイムカードや入退場ログなどの客観的なデータを用いて、実際にその休息時間が確保されていたかの突き合わせが行われます。

深夜業の回数制限および代休・特別休暇の付与

1カ月における深夜労働の回数制限や、過重労働が生じた従業員に対する代休の取得実績が確認されます。協定書に形式的に記載しているだけで、実際の現場で代休取得の事実が確認できない場合は、健康確保措置の不履行として指導の対象となります。

参考記事: 建設業の36協定・時間外労働の上限規制の基礎知識｜2024年4月適用ルールと違反リスクを解説

建設業界の各プレイヤーに生じる実務上の影響

労働基準監督署の運用転換は、時間外労働の上限規制下にある建設業界の実務現場に対して、運用の柔軟化と管理責任の厳格化という2つの側面をもたらします。

元請けゼネコン：繁忙期工程の柔軟性と健康管理のエビデンス提示

元請けゼネコンの施工本部や労務統括部門にとって、工程の逼迫期や引渡し直前における突発的な残業対応において、適法な特別条項の行使が否定されない環境が整いました。

ただし、月45時間を超える残業が発生した現場に対しては、労基署から健康確保措置の履行状況に関する説明が厳しく求められます。「医師による面接指導を行ったか」「連続勤務を防止するための振替休日は機能しているか」といった事実を、帳票や産業医の面接記録によって客観的に立証できなければなりません。形式的に特別条項を発動させているだけの現場は、労基署の調査で重点指導を受けるリスクが高まります。

現場監督・施工管理者：突発残業の心理的負担緩和と勤怠打刻の厳格化

施工現場を預かる現場監督や主任技術者・監理技術者にとっては、月45時間の枠を超えたこと自体に対する過度な心理的負担が軽減されます。工程のリカバリーや夜間工事の連続によって一時的に残業が増加しても、特別条項の手続きと健康措置が担保されていれば、直ちに行政指導の対象とされる懸念はなくなります。

しかし、その代償として「勤務間インターバルの遵守」や「正確な実労働時間の打刻」が現場レベルで厳格に問われます。事務所に戻ってからの書類作成や早朝の朝礼立ち合いによりインターバル時間が削られていないか、クラウド型勤怠管理システムなどのログと突合されるため、現場実態を隠蔽した労務管理は通用しません。

労働基準監督署：時間抑制の形式審査から実効性の査察へのシフト

行政指導を行う労働基準監督官の実務も大きく変化します。出勤簿上の残業時間が「45時間を1時間でも超過しているか」を機械的にチェックする手法から、三六協定に記載された健康管理措置が社内規定通りに運用されているかを掘り下げる査察へと軸足が移ります。

具体的には、産業医との連携状況や、特別条項を適用した労働者全員に対する健康診断・面接の受診記録の有無が調査されます。法令上の上限規制値（月100時間未満、2〜6カ月平均80時間以内など）の遵守確認と合わせて、安全配慮義務の履行実態に踏み込んだ立ち入り調査が行われることになります。

参考記事: 施工管理アプリ（クラウド型）入門｜導入メリットと失敗しない選び方を徹底解説

ConShiftの視点：形式的な時間管理から健康ガバナンスへの構造転換

今回の厚生労働省による指導方針の是正は、時間外労働規制が「一律の総労働時間抑制」という形式的な引き締めから、「労使合意を尊重しつつ実効的な健康管理を担保する」ガバナンス重視の個別最適化フェーズへと移行したことを意味します。

特別条項の運用基準と健康データの客観的連携

建設会社が今後取るべき対応は、単に「45時間を超えても指導されにくくなった」と捉えて残業を野放しにすることではありません。特別条項を発動させる具体的な事由（悪天候による工程順延、施主都合による突発的な設計変更など）の基準を社内労務規定として再定義し、発動と連動して健康確保措置が自動的に実行される仕組みを構築する必要があります。

労務管理ツールや施工管理プラットフォームを活用し、45時間超過が見込まれる従業員を早期検知した上で、産業医面談のアラート発行や勤務間インターバルの自動算出を行うなど、客観的なエビデンスを即座に提示できる体制を整えることが、労基署対応における防衛策となります。

まとめ：労使協定の再点検と健康管理フローの確立

厚生労働省の指導方針緩和により、特別条項付き三六協定を締結している企業は、繁忙期における現場マネジメントの裁量を一定程度確保できるようになりました。しかし、これは長時間労働を野放しにするための緩和ではなく、労使合意に基づく健康確保措置を確実に履行していることが大前提です。

建設業の経営層や労務管理部門は、自社の三六協定届に記載されている「健康確保措置」の内容を直ちに再点検する必要があります。協定に盛り込んだ措置が形骸化していないか、医師の面接記録やインターバル時間の客観的なログが保存されているかを確認し、行政の査察に対して明確な運用エビデンスを提示できる体制を整えることが求められます。

出典: 日経クロステック（xTECH）
出典: 厚生労働省
出典: 読売新聞オンライン